Моя компания не ведёт никакой деятельности уже больше года. Насколько я понял, в таком случае всё равно необходимо отчётность в налоговую подавать, верно? И, если так, что вообще в ней должно быть указано?

Да, всё верно. Это называется нулевая отчётность, соответственно, в ней должно отображаться отсутствие прибыли. А какая именно у вас система налогообложения, можете сказать?

У меня общая система налогообложения. Когда я открывал компанию, то слабо разбирался в нюансах, и упрощенку не подключил. А это имеет в данном случае какое-то значение?

Ну да, в подаче отчётности при ОСНО есть свои определённые нюансы. Думаю, вам нет особого смысла в них разбираться, просто обратитесь в одну из компаний, которые услуги бухгалтерского аутсорсинга предоставляют. Например, сдать нулевую отчетность для ООО точно смогут за вас представители этой фирмы https://urfingarant.com/sdat-nulevuyu-otchetnost . Ознакомьтесь на досуге с её текущими условиями.